Zdi se, da je Atlit-Yam enofazna naselbina, ki predstavlja kratko obdobje zasedbe pred vdorom morja, ki je pripeljal do opustitve Atlit-Yama okoli leta 6300 pr.
Najdišče, ki datira med 6900 in 6300 pr.n.št., je približno 10 metrov pod sedanjo gladino morja in pokriva površino 40,000 kvadratnih metrov.
Tektonsko nagibanje in podnebne spremembe so povzročile, da so se močvirja vzdolž izraelske obalne nižine na začetku holocena izsušila. Pridobljeno zemljo vzdolž umikajoče se obale so naselila neolitska ljudstva v predlončarskem neolitu (PPNB) in kasneje v lončarskem neolitu, dokler evstatično dvigovanje morske gladine oceana ni potopilo starodavne naselbine do globine 8-12 metrov pod površje. .
Znanstveniki menijo, da je bil Atlit-Yam nenadoma zapuščen zaradi cunamija, ki je prizadel regijo, najverjetneje pa ga je povzročil vulkanski izbruh na območju Sredozemlja.
