Čini se da je Atlit-Yam jednofazno naselje, koje predstavlja kratko razdoblje okupacije prije prodora mora koje je dovelo do napuštanja Atlit-Yama oko 6300. godine prije Krista.
Uz obalu sela Atlit nalazi se Atlit Yam, potopljeno neolitsko naselje smješteno uz obalu Atlit u današnjem Izraelu.
Nalazište, koje datira između 6900. i 6300. godine prije Krista, nalazi se otprilike 10 metara ispod trenutne razine mora i pokriva površinu od 40,000 četvornih metara.
Tektonski nagib i klimatske promjene uzrokovale su isušivanje močvara duž izraelske obalne ravnice na početku holocena. Obnovljeno zemljište uz obalu koja se povlačila naselili su neolitički narodi tijekom predlončarskog neolitika (PPNB) i kasnijeg keramičarskog neolitika, sve dok eustatički porast razine mora u oceanu nije potopio drevna naselja na dubinu od 8-12 metara ispod površine. .
Atlit Yam je naseljen oko 6900. godine prije Krista, a stanovnici su preživjeli agro-pastoralno-morskim uzdržavanjem.
Znanstvenici vjeruju da je Atlit-Yam naglo napušten kao posljedica tsunamija koji je pogodio regiju, a najvjerojatnije uzrokovan vulkanskom erupcijom na području Sredozemnog mora.
Arheologe je posebno zanimalo otkriće dva kostura, jednoga žene i jednog djeteta, koji su otkrili najranije poznate slučajeve tuberkuloze.